继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：玛雅·厄斯金 安娜·康克尔 Mutsuko Erskine 梅洛拉·沃尔特斯 布拉迪·艾伦 乔纳斯·贝尔斯 Taj Cross 托尼·埃斯皮诺萨 Dylan Gage Carmina Garay Lincoln Jolly Nathaniel Matulessya 安娜·尼奥斯基 Jessica Pressley Keyon Spinks 卡林·韦斯特
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演员：艾伦·旁派 吴珊卓 James Pickens Jr. 贾斯汀·钱伯斯 凯乐·利 帕特里克·德姆西 埃里克·迪恩 钱德拉·威尔森 杰西·威廉姆斯 基姆·瑞弗 凯文·麦克基德 丹尼尔·逊亚塔
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